Le musée des Confluences est un musée d'histoire naturelle, d'anthropologie, des sociétés et des civilisations situé à Lyon, dans la région Auvergne-Rhône-Alpes en France. Héritier du Musée d'histoire naturelle Guimet de Lyon, il est ouvert en 2014 et hébergé dans un bâtiment de style déconstructiviste de l’agence d'architecture Coop Himmelb(l)au, dans le quartier de La Confluence, sur la pointe sud de la Presqu'île de Lyon, au confluent du Rhône et de la Saône (2^e arrondissement de Lyon).

Il reprend les collections du musée Guimet et a pour mission de compléter ce fonds par des acquisitions. Il fait l'objet de dépôts et prêts de musées et institutions diverses (musées d'art et de la culture, jardins botaniques, fondations, congrégations religieuses...) pour ses espaces d'exposition temporaires et permanentes. Le musée a une activité orientée vers la scénographie (coopération avec des salles de spectacle musical et de théâtre) et a débuté celle d'éditeur de livres (romans autour de quelques objets fameux de sa collection en collaboration avec des auteurs de textes littéraires ou de dessins et de photographies).

Le projet déclaré est celui de pédagogie distrayante et artistique, « les confluences des savoirs », en même temps que de signal architectural de porte de ville. Il est associé aux franchissements des deux fleuves et mis en ensemble urbain avec les ponts. Le jardin de « la confluence » permet de relier les promenades établies sur les bords de la Saône à celles du Rhône dans l'urbanisme nouvelle manière de la ville écosystème. Ce musée est géré par l'agglomération devenue la métropole de Lyon à structure de département.

En mai 2011, le Musée des Confluences encore en chantier reçoit l'appellation « Musée de France » par le ministère de la Culture et de la Communication.

Le fonds non exposé sur le site est stocké hors-place.